Az intézmény története Agyagfalva a Székelyföld egyik legrégibb és legnevezetesebb helysége. A mellette elterülő, dombokkal koszorúzott híres agyagfalvi rét „nyílt történelemkönyve a Székelyföldnek”, „hősök tapodta, dicső történelmi események szentesítette hely”. A székelyek ősi gyülekező helye. Ide sereglettek össze már 1506-ban a székelyek nemzeti gyűlésre, s ugyanide hívta össze Berzenczey László kormánybiztos a székelységet1848. okt. 16-ra, ahol kimondták Erdély csatlakozását a magyar forradalomhoz. Az agyagfalvi ember azonban nemcsak történelmére, hanem iskolájára is büszkeséggel tekint, hiszen ez az iskola 345 éve a tudás bölcsője, jelképe. E tájék mindenkori emberének tudás- és kultúrszomját jelképezi, melyet mint legértékesebb hagyományait adott tovább nemzedékről nemzedékre a falu. Az agyagfalvi iskola alapítása a XVII. század közepére vezethető vissza, amikor a haladó szellemű személyiségek a hivatalos latin, majd német nyelv helyett anyanyelvi oktatást követeltek. Így pl. Apáczai Csere János, aki az oktatás fejlesztésének harcosaként küzdött az anyanyelvi oktatásért. Városokon gimnáziumok, felső tanintézetek, falvakon elemi iskolák létesültek. Az agyagfalvi iskola létesítése is erre az időpontra tehető. A faluban már a XVII. század közepén többé-kevésbé rendszeres oktatás folyt, ugyanis az 1656 január 4-i részleges szinódus Székelyudvarhelyen Agyagfalvát azon helységek között említi, ahol „ne legyen szabad szakképzetlen mestert alkalmazni”. A falu első tanítójára vonatkozó adat 1707-ből származik. Ezt az adatot agyagfalvi Pap Ardai Sámuel 1790-ből származó feljegyzéséből ismerjük, mely az első agyagfalvi egyházi jegyzőkönyvben található: „Pávai Péter 1707-ben Agyagfalván Iskola mester, amint a Dobai Hegyi Ferenc levele mutatja”. Tovább vallatva a múltat régi iskolameserek után kutatva, nevek bukkannak fel régi írások elsárgult lapjain: Sófalvi? (1710), Füleki Mátyás (1713), Bányai Mihály (1721), Árapataki Ferenc (1724), Bardóczi Tokos András (1736-1775), Bardóczi Tokos József (1775-1819). E két utóbbi, apa és fia egymást felváltva összesen 83 évig szolgálták a népnevelés ügyét Agyagfalván. De nem csak ez a két tanító volt, aki haláláig hű maradt ehhez a faluhoz és ehhez az iskolához. Az 1936-ban Fiatfalváról jött Nagy Lajos 34 évig, a Csekefalváról idekerült Kovács Mihály tanító 27 évig, az Etédről meghívott Vida Mózes 37 évig volt a falu világító fáklyája, szellemi életének irányítója. Ezek az adatok beszédes bizonyítékai annak, hogy ez a falu, melynek tanítói nem átmeneti tartózkodási helynek, hanem otthonnak választották ezt a helyet, megbecsülte az iskolát, megbecsülte tanítóit. Az iskola megalapításától 1895-ig református elemi iskola, 1895-től községi jellegű, 1903-tól állami iskola. A tanulók létszámára vonatkozó legrégebbi adatok 1793-ból valók. Ebben az évben összesen 21 tanuló járt iskolába, ebből 17 fiú, 4 leány. A következő években fokozatosan nőtt a tanulók létszáma. Az 1880-tól rendszeresen vezetett anyakönyvek adatai alapján megállapítható, hogy az iskola tanulóinak létszáma általában 100-150 között váltakozott. Sajnálatos módon az utóbbi 15 évben rohamosan csökkent a tanulók létszáma. A jelenlegi, 2004/2005-ös tanévben 55 iskolánk tanulóinak létszáma. Az iskolások számának növekedésével szükségessé vált a második tanítói állás létesítése. Így 1897-től már két tanítója van a falunak, 1908-ban egy harmadik, női tanerővel bővül.